HERMES Control Unit je řídící jednotka systému, která může stát samostatně a sama o sobě sbírat data nebo provádět jednoduché řízení prostřednictvím vestavěných výstupů. Venkovní komunikaci zajišťuje vestavěný seriový port a ethernet port. Jednotku je možno široce rozšířit prostřednictvím expanzní sběrnice, díky níž je možno ovládat obrovské množství dalších zařízení.

Control Unit obsahuje 1 AD převodník (0-5V/0-1023), 8 digitálních vstupů, 2 reléové výstupy, 1 výstup s otevřeným kolektorem výkonového tranzistoru, seriový port RS-232, LAN, napájecí modul pro další jednotky připojené na expanzní sběrnici. Řídící jednotka signalizuje probíhající seriovou komunikaci, připojení přes LAN, a další provozní stavy v závislosti na firmware jednotky. Změnou firmware jsou možnosti jednotky prakticky neomezené.